La gestión compartida significa que la responsabilidad de la gestión del FSE+ recae tanto en la Comisión como en los Estados miembros. Al inicio de cada período de programación de siete años, la Comisión y los Estados miembros acuerdan las principales prioridades de inversión del FSE+, que se establecen en los programas nacionales o regionales. Por ejemplo, un Estado miembro y la Comisión pueden ponerse de acuerdo en que es necesario centrarse más en el desempleo juvenil o en mejorar el sistema educativo del Estado.

Una vez acordados los programas, los Estados miembros son responsables de la ejecución de las acciones previstas, incluida la selección de proyectos concretos para su financiación y el pago a los organizadores de los proyectos. Los Estados miembros asignan fondos a una amplia variedad de organizaciones: organismos públicos, empresas privadas y sociedad civil. La Comisión supervisa la ejecución, reembolsa los gastos y, en última instancia, es responsable del presupuesto.

Un principio fundamental de la gestión compartida del FSE+, la cofinanciación, permite que tanto el presupuesto de la UE como el de un Estado miembro contribuyan al presupuesto total de un programa del FSE+. Dependiendo del ámbito de inversión y del nivel de desarrollo de la región en la que se lleven a cabo las actividades, el porcentaje de cofinanciación de la UE puede variar entre el 50 y el 95 %.